Seit über einem viertel Jahrhundert arbeitet Thomas Busse mittlerweile als Regisseur und Drehbuchautor. Mit nur 26 Jahren gab er sein Regiedebüt beim Spielfilm „Der Wunderapostel“. Dieser außergewöhnliche Film lief in vielen verschiedenen Ländern Europas sehr erfolgreich in den Kinos – alleine in Wien 12 Wochen am Stück! Selbst Filmgröße Klaus Maria Brandauer zeigte sich beeindruckt von Busses Erstlingswerk! „Der Wunderapostel” wurde im Fernsehen teilweise zu den besten Sendezeiten gezeigt und erfreut sich weltweit nach wie vor als Video- und DVD-Fassung großer Beliebtheit. In der spirituellen Szene gilt er als absoluter Kultfilm.

1994 begann Thomas Busse mit den Vorbereitungen zu einem neuen Filmprojekt, das ihn insgesamt 9 Jahre beschäftigte. Der dreiteilige (je 100 Minuten), sehr aufwendig umgesetzte Dokumentarfilm mit Spielfilmeinheiten „Das Phänomen Gröning“ spiegelt auf dramatische Weise die Auseinandersetzung zwischen Allgemeinmedizin und Geistheilung wider. Szenen mit bis zu 2500 Statisten ließ er nachspielen und interviewte fast 100 Zeitzeugen. Einfühlsam und überzeugend fügte er Mosaikstein um Mosaikstein ein Bild zusammen, das die Person Grönings in ein ganz neues Licht rückt. Der Film lief weltweit, wurde in vierzig Sprachen übersetzt und fand, trotz seines speziellen Themas, überwältigenden Anklang.

In der Folgezeit übernahm Thomas Busse die Regie von Patrick Süskinds Monodram „Der Kontrabass“ und drehte den Stummfilm „Quelle der ewigen Jugend“. Außerdem engagierte er sich für Schauspielprojekte mit Jugendlichen, leitete Improvisations- und Theatergruppen und gibt seit vielen Jahren Schauspielunterricht.

Sein neuester Kino-Spielfilm „Lisa und der Maler“, dessen Geschichte aus eigener Feder stammt, wird in 2017 fertiggestellt sein. Es ist eine dramatische Liebesgeschichte mit besonderem Tiefgang. Vor allem die Frage nach dem Sinn des Lebens prägt dieses Werk. Er schrieb auch hier, wie schon beim Spielfilm „Der Wunderapostel” das Drehbuch, führte Regie und spielte eine der Hauptrollen.

Ganz gleich in welcher Form Thomas Busse als Regisseur auch tätig wird, er hat stets den Anspruch Filme zu drehen oder Stücke zu inszenieren, die Tiefgang haben. Speziell zum Medium Film sagt er:
„Ich möchte mit meinen Filmen nicht nur unterhalten, sondern vor allem zum Nachdenken anregen, Menschen inspirieren und sie tief im Herzen berühren. Interessant finde ich in diesem Zusammenhang vor allem Filme mit spirituellem Hintergrund.“